Gümüşhane Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 21.05.2021 tarih ve 31487 sayılı Resmî Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 20.05.2021 tarih ve 4000 Karar Sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile kurulmuştur. İlgili Karar hükmüyle, 2547 Sayılı Yükseköğretim kanununa tabii olarak 31.05.2008 tarihinde kurulmuş olan Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü kapatılmıştır. 

Gümüşhane Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 40 Ana Bilim Dalında 15 doktora, 38 tezli yüksek lisans ve 8 tezsiz yüksek lisans programı ile eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.