Gümüşhane Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 21.05.2021 tarih ve 31487 sayılı Resmî Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 20.05.2021 tarih ve 4000 Karar Sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile kurulmuştur. İlgili Karar hükmüyle, 2547 Sayılı Yükseköğretim kanununa tabii olarak 31.05.2008 tarihinde kurulmuş olan Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü kapatılmıştır. 

Gümüşhane Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 21.05.2021 tarihi itibarıyla, kapatılan enstitülerden aktarılan 31 Ana Bilim Dalında 13 doktora, 30 tezli yüksek lisans ve 4 tezsiz yüksek lisans programı ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kurulduktan sonra;

11.08.2021 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla Üniversitemiz bünyesinde Disiplinlerarası eğitim vermek üzere Yapay Zeka ve Akıllı Sistemler Tezli Yüksek Lisans, 

24.11.2021 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla Sosyoloji Tezli Yüksek Lisans, Beden Eğitim ve Spor Tezli Yüksek Lisans, 

09.02.2022 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla Yönetim ve Bilişim Sistemleri Ana Bilim Dalına bağlı Yönetim ve Bilişim Sistemleri Tezli Yüksek Lisans,

28.08.2024 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla Maden Mühendisliği Ana Bilim Dalı ve Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı Tezli Yüksek Lisans programlarının da açılmasıyla birlikte 36 tezli yüksek lisans programında eğitim-öğretim faaliyetleri yürütülmektedir.

28.08.2024 tarihli karar ile aynı zamanda Halkla İlişkiler ve Tanıtım, İktisat, Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalları Tezsiz Yüksek Lisans Programları açılarak Enstitümüz bünyesindeki tezsiz yüksek lisans program sayısı 7 olarak güncellenmiştir. 

31.05.2022 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla Harita Mühendisliği Ana Bilim Dalına bağlı Harita Mühendisliği Doktora programı ve

03.08.2022 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararıyla İktisat Ana Bilim Dalına bağlı İktisat Doktora programlarının açılmasıyla birlikte 15 doktora programında eğitim-öğretim faaliyetleri yürütülmektedir.